Akizuki Yasuo seems to be the one who first used the term. According to his book 輓近代数学の展望 (quoted from here):
層という訳語の由来は仏語 Faisceau のあとの方の 'ソー' をとったというが一つの根拠である。Faisceau の元来の意味は束 (タバ) である。'群の束' (X 上に配置された) の意である。ところで、これを横に見ると地層のような層になる。そこで、垂直を水平におきかえて層と訳してみたのである。この訳がよいか、悪いか、わが国で定着しているかどうか知らないが、この訳語の発案者として、その由来を記しておく。
--秋月康夫「輓近代数学の展望」p.176 (1970年)。ダイヤモンド社。東京
So he chose to use 層 because:
- it sounds like the last syllable of faisceau, (which complies with Zhen Lin's answer,)
- the word 束("bundle") had been already taken,
- and if you change your perspective, layers are a horizontal bundle.
It's worth noting that English-speaking mathematicians also tried to introduce the term stack for faisceau for similar reasons, as seen in Hodge & Atiyah (1955):
The French word "faisceau" has been translated into English as "sheaf" or "stack". In this paper we use the word "stack", since "sheaf" has been used before in mathematics.